Здесь начать стоит с того, что поисковый алгоритм любой поисковой системы есть по-сути программа, которую создавали люди, закладывая туда свое понимание поиска и фильтры для борьбы с манипуляцией поисковой выдачи. Никакие инопланетяне в этом участия не принимали, а потому все более-менее логично и понятно.
Так как нас этот вопрос интересует в применении к сайтам, то за основу их представления в поисковой выдаче, берется в первую очередь их релевантность запросу пользователя, а так как таких (релевантных) сайтов уже сотни и тысячи, и существует весьма серьезная конкуренция, то ранжирование происходит с учетом определенных особенностей сайтов как таковых.